Manual Usuario

UnCaFiQT

Caracteristicas del sistema

  • Arquitectura x86_64 (64 bits)
  • CentOS release 6.6 (Final)
  • Rocks release 6.2 (SideWinder)
  • Kernel version 2.6.32-504.16.2.el6.x86_64
  • GCC version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-11)

Los programas de los usuarios se administran mediante el sistema de
colas de ejecucion Condor (High Throughput Computing Condor)

Librerias y aplicaciones disponibles:

  • fftw (3.2.1-3.1)
  • blas (3.2.1-4)
  • atlas (3.8.4-2)
  • lapack (3.2.1-4)
  • mpfr (2.4.1-6)
  • gmp (4.3.1-7)
  • plumed (2.2.3)
  • lammps (16Feb16)
  • otras (consultar)

Usuarios

Para ejecutar un programa debe contar con una cuenta de usuario. Luego
dede acceder mediante una consola remota como ssh o putty a la direccion
calculo.inifta.unlp.edu.ar
Una vez logueado contara con un maximo de 10(Diez) gigabytes de espacio en
disco disponible en /home/su_usuario.

Para copiar remotamente archivos puede usar el comando scp, el programa
Winscp, el protocolo sftp, etc. usando la direccion y ubicacion recien mencionadas.
En la barra de direcciones de su gestor de archivos:

sftp://su_usuario@calculo.inifta.unlp.edu.ar

Ejecucion de programas

Los programas deben compilarse localmente en el cluster. Esto es necesario por
cuestiones de compatibilidad y para poder utilizar Condor.

Para ejecutar sus programas debe seguir los siguentes pasos:

  1. Asegurese que su codigo fuente compile sin errores con gcc o gfortran en
    una carpeta local.

  2. Una vez que el codigo compila debe volver a compilar para Condor.

    Esto se realiza con el comando condor_compile de la siguiente forma:

    $ condor_compile gcc -o ejecutable opciones fuente.c
    

    nota: elija gcc o gfortran suegun el lenguaje que este su fuente.

    Puede que este comando genere algunos warnings pero al finalizar se generara
    el archivo ejecutable.

  3. Para enviar a ejecutar debe editar un script de submit para condor.
    Existe un script de ejemplo donde se documenta que debe completar en cada
    parametro en /export/apps/condor.

    Una vez completado el script se envia a ejecutar con el comando

    $ condor_submit script
    

    nota: reeplace script por el nombre de archivo de su script

Para monitorear la cantidad de programas que tiene en la cola de envio con
el comando

$ condor_q usuario

nota: usario es su nombre de usuario.

Para remover un programa use el comando

$ condor_rm numero

nota: numero es el numero asociado al programa que muestra condor_q

Para verificar como va la ejecucion de su programa use el comando

$ condor_q -analyze usuario

nota: si su programa figura idle en condor_q puede que tenga un error,
no haya maquinas disponibles o no tenga suficiente prioridad para ejecutar.
Tambien hay informacion en el archivo de log que configuro en el script de
submit
.

Para ver las maquinas disponibles use el comando

$ condor_status

Para ver su prioridad actual ejecute el comando

$ condor_userprio

Ante cualquier duda contactese con el administrador.

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